Der NABU wurde 1899 in Stuttgart von Lina Hähnle als "Bund für Vogelschutz" (BfV) gegründet. In den Jahren 1938 bis 1945 als "Reichsbund für Vogelschutz" gleichgeschaltet, erfolgte ab 1946 der Wiederaufbau als BfV. 1965 hat sich der Verband in "Deutscher Bund für Vogelschutz" (DBV) umbenannt und in Landesverbände untergliedert. Im Jahr 1990 fand dann der Zusammenschluss mit den in der ehemaligen DDR neu gegründeten Landesverbänden zum Naturschutzbund Deutschland (NABU) statt.
Im Naturschutzbund Deutschland (NABU) e.V.,als der Dachorganisation auf Bundesebene sind die einzelnen Landesverbände organisiert.
Spitzenorgan des NABU ist die Bundesvertreterversammlung, welche die Landesverbände gemäß ihrer Mitgliederstärke beschicken.
Das Präsidium ist das zweite Hauptorgan, es setzt die Beschlüsse der Vertreterversammlung um und führt verantwortlich die Geschäfte des NABU.
Die Vertreterversammlung ist also praktisch das Parlament und das Präsidium die Regierung.
In den Landesverbänden wiederum sind in rund 1500 lokalen Kreisverbänden und Gruppen wiederum die einzelnen Ortsverbände organisiert.
Verbandsparlamente gibt es auf Landesebene und in den Kreisverbänden, während in den Ortsgruppen Vollversammlungen der Mitglieder tagen.
Auf Bundes- wie auch auf Landesebene leisten hauptamtlich besetzte Geschäftsstellen Naturschutzarbeit während in den Ortsgruppen diese von ehrenamtlichen Mitarbeitern erbracht wird.
Die Jugendorganisation des NABU, die Naturschutzjugend (NAJU), engagiert sich in rund 1.500 Kinder- und Jugendgruppen im Natur- und Umweltschutz. Sie ist mit rund 72.000 Mitgliedern bundesweit die größte im Naturschutz tätige Jugendorganisation.